Trung Tâm hoạt động với một số nhiệm vụ:
(1). Nghiên cứu, điều tra, đánh giá Đa dạng sinh học (ĐDSH), nguồn tài nguyên sinh vật trên cạn và nước ngọt nội địa;
(2). Thực hiện các chương trình, dự án, đề tài; chuyển giao khoa học công nghệ; hợp tác với các đối tác trong và ngoài nước về ĐDSH, bảo tồn các loài sinh vật, các vấn đề về môi trường sinh thái, môi trường nhân văn;
(3). Nghiên cứu sự ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, tác động của con người đến ĐDSH và môi trường sống các loài sinh vật. Nghiên cứu và đề xuất các biện pháp góp phần bảo tồn các loài sinh vật bản địa, các loài có giá trị khoa học, giá trị kinh tế, các loài còn thiếu dẫn liệu khoa học;
(4). Tổ chức tập huấn, hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ, nâng cao nhận thức về ĐDSH và môi trường cho các tổ chức, cá nhân;
(5). Hướng dẫn sinh viên, học viên cao học, nghiên cứu sinh thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học, khóa luận tốt nghiệp, luận văn, luận án;
(6). Tham gia công tác đào tạo, thực tập, rèn nghề cho sinh viên, học viên cao học và các thành phần khác.